Арестанток повезли поездом сначала в Пермь, оттуда — в Екатеринбург. Они знали, что здесь, в Ипатьевском доме, держат царскую семью. Одной из сестер как-то удалось разглядеть в щель забора самого государя. Но повидаться с сестрой Матушке не удалось. 14 мая ее с келейницами погрузили в вагон и 20 мая высадили в Алапаевске.
Для их размещения спешным порядком подготовили классы в Напольной школе — церковно-приходской школе на окраине города. Из местной больницы привезли железные кровати, столы и стулья, у входа поставили охрану. Комнаты располагались одна за другой вдоль длинного коридора; в первых трех поселили представителей царской фамилии, в двух других — сопровождающих лиц: управляющего делами Ф.М. Ремеза, слуг И. Калинина и Ц. Круковского, доктора Гельмерсена. Соседями Елизаветы Федоровны по этому каземату оказались Константиновичи — так она называла сыновей своего давнего друга Великого князя К. Р. — Иоанн, Константин и Игорь, а также Великий князь Сергей Михайлович и молодой князь Владимир Павлович Палей, сын Павла от второго брака. С ним она особенно подружилась. Владимир Павлович успел написать матери, что тетя Элла, большой знаток цветов и овощей, руководит их посадками на школьном огороде. Поначалу им это дозволялось. Под охраной они посещали церковь и библиотеку.
По-настоящему тюремный режим установили 21 июня. У них отобрали все имущество, удалили сопровождающих. При Матушке осталась только инокиня Варвара. Узники уже понимали, что их ждет, молились и писали письма. Эти письма и записки, спрятанные в ладанки, вместе с нательными крестами, дневниками и документами передадут родным, когда извлекут из шахты их тела.
В ночь на 18 июля узников вывезли за 18 км от города и сбросили в заброшенную шахту железного рудника Нижняя Селимская. Утром населению сообщили, что Великих князей похитили. Для убедительности разыграли целое представление: подняли тревогу, открыли стрельбу и продемонстрировали тело убитого, якобы белогвардейца. Об этом написали все газеты.
Однако правда открылась очень скоро — нашелся очевидец. Один из местных крестьян случайно оказался рядом с шахтой во время трагедии. Его показания пересказал игумен Серафим (Кузнецов):
«Слышит, вдали какой-то шум, встает, прислушивается: приближаются какие-то люди; узнает царственных узников, которые, окруженные красноармейцами, распевая духовные песнопения, идут на смерть. Видел он, как Великой княгине Елизавете Федоровне завязывали глаза, затем подвели к шахте и живую с размаху бросили, а она успела еще сказать: „Господи, прости им, не ведают они, что делают“.
Притаившись, затаив дыхание, мужичок видел, как и остальных живыми бросали в шахту с не завязанными глазами, ругаясь площадною бранью, с адским, сатанинским смехом. Затем в шахту было брошено несколько гранат, которые разрывами засыпали таковую»
Эти показания всплыли во время расследования убийства, которое началось в октябре 1918 года, когда в Алапаевск вошла армия А.В. Колчака. Тела извлекали в течение нескольких дней: в шахте 60 метров глубины погибшие оказались на разных уровнях. Елизавету Федоровну подняли одной из последних — 11 октября (24 октября по старому стилю), через три месяца после смерти. Пальцы ее правой руки были сложены для крестного знамения. На груди лежал завернутый в несколько слоев образ Спасителя. На обратной стороне иконы находилась золотая пластинка с надписью: «Вербная суббота 13 Апреля 1891 г». В этот день Великая княгиня приняла Православие. Тело Елизаветы Федоровны было найдено нетленным, на лице сохранилась улыбка.
