Тела мучеников извлекли из шахты и захоронили в склепе Свято-Троицкого собора. В поисках тел участвовал игумен Серафим (Кузнецов), насельник Серафимовского скита Белогорского Свято-Николаевского монастыря. Он был духовным отцом Елизаветы Федоровны. Незадолго до своей кончины, будто предчувствуя скорую гибель, Великая княгиня попросила игумена Серафима похоронить ее по-христиански. Политическая ситуация в стране была неспокойная, и с разрешения адмирала Колчака игумен Серафим взялся доставить останки в более безопасное место.
Восемь гробов он повез без документов из Алапаевска в Пекин в самый в разгар гражданской войны — на товарняках, в военных эшелонах, на паромах. Трудный, полный опасностей путь до Китая занял больше года. Но он самоотверженно исполнил свой долг, стараясь выполнить обещание, данное им Великой княгине Елизавете Феодоровне – похоронить ее по-христиански.
«От Алапаевска до Тюмени, — пишет игумен Серафим, — ехал один в вагоне с гробами 10 дней, сохраняя свое инкогнито, и никто не знал в эшелоне, что я везу 8 гробов. Это было самое трудное, ибо я ехал без всяких документов на право проезда, а предъявлять уполномочия было нельзя, ибо тогда бы меня задержали местные большевики…».
В 1920 г. гробы с телами мучеников ему удалось довезти до Пекина. Приходилось соблюдать строжайшую конспирацию. Игумен Серафим подробно излагает все этапы этого длинного и трудного маршрута. Порой кажется, что тайна груза по всем объективным и логическим обстоятельствам должна быть непременно раскрыта, и надругательство неминуемо. Но происходит нечто нелогичное, необъективное — происходит чудо, и вагон благополучно преодолевает все препятствия. Отец Серафим не сомневался, что он сопровождает святую.
Когда об этом узнали родные Великой княгини, ее сестра, принцесса Виктория Баттенбергская, решила перевезти останки Великой княгини Елизаветы Феодоровны и сестры Варвары в Иерусалим. По ее просьбе гробы мучениц вновь сопровождал игумен Серафим (Кузнецов).
Сестра Великой княгини принцесса Виктория с супругом принцем Людвигом и дочерью принцессой Луизой встретились с игуменом Серафимом в Египте. Оттуда гробы были отправлены товарным поездом в специальном вагоне, который переправили паромом через канал до Иерусалима.
28 января 1921 г. мощи Великой княгини Елизаветы Феодоровны и ее келейницы сестры Варвары Яковлевой достигли Иерусалима.
В газетах так писали об этом событии: «На вокзале греческое, русское и арабское духовенство встретило гробы, отслужило панихиду, гробы поставили на автомобили, украшенные цветами, и двинулись по направлению к Гефсимании. Их Высочества и духовенство на автомобилях ехали за гробами. На горе, при спуске из Иерусалима в Гефсиманию, крестным ходом встретили монахини с Елеона. Здесь была отслужена лития и гробы медленным темпом двигались на автомобилях, а духовенство в облачениях шло за крестным ходом. Затем на руках гробы внесли в церковь. Гроб Великой Княгини несли Принц и местные власти. Встреча была весьма трогательна: у монахинь и русских паломниц лились слезы из глаз. Когда гробы занесли в церковь святой Марии Магдалины, то была отслужена панихида и сказано слово».
Местом упокоения была выбрана крипта русской церкви святой Марии Магдалины в Гефсимании, построенной Александром III в память о его матери императрице Марии Александровне и освященной в 1888 году в присутствии Великой княгини Елисаветы Феодоровны и ее супруга Великого князя Сергея Александровича.
Иерусалимский патриарх Дамиан, встречавший тела в Иерусалиме, был потрясен преданностью игумена Серафима. Ему выделили кусочек земли, где он построил себе келью и прожил в ней оставшуюся жизнь, каждый день совершая богослужения в память алапаевских мучеников.